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Sotto il Sole

Riflussi eurasiatici in Africa sub-sahariana

Africa sub-saharianaChad Genetic Diversity Reveals an African History Marked by Multiple Holocene Eurasian Migrations – Marc Haber et al. – Published Online: November 23, 2016 – The American Journal of Human Genetics – DOI:http://dx.doi.org/10.1016/j.ajhg.2016.10.012

Dall’astratto, traduzione libera:
la comprensione della diversità genetica umana in Africa è importante per interpretare l’evoluzione di tutti gli esseri umani, tuttavia vaste regioni in Africa, come il Ciad, rimangono ancora poco indagate geneticamente . Qui, usiamo i dati genotipici di 480 campioni provenienti dal Ciad, Vicino Oriente ed Europa meridionale, così come il sequenziamento di tutto il genoma di 19 di loro, per dimostrare che molte popolazioni oggi derivano i loro genomi da antiche mescolanze afro-eurasiatiche. Abbiamo trovato le prove di un riflusso eurasiatico precoce in Africa in persone che parlano la lingua isolata non classificata Laal, nel sud del Ciad, e stimiamo dal decadimento linkage disequilibrium che questo si è verificato 4,750-7,200 anni fa. Esso ha portato in Africa un cromosoma Y lignaggio (R1b-V88) i cui parenti più stretti sono diffuse nell’attuale Eurasia; si stima dai dati di sequenza che i cromosomi Chad R1b-V88 Y risalgono/coalescono a 5,700-7,300 anni fa. Questa migrazione potrebbe quindi aver avuto origine tra gli agricoltori del Vicino Oriente durante il periodo umido africano. Abbiamo anche trovato che il riflusso eurasiatico documentato precedentemente in Africa, verificatosi ~3,000 anni fa e pensato limitato prevalentemente all’Africa orientale, ha avuto un impatto più a ovest impattando le popolazioni nel nord del Ciad, come i Toubou, che presentano oggi il 20% – 30% di ascendenza eurasiatica. Abbiamo osservato un calo dell’eterozigosi in africani mescolati e abbiamo trovato che la commistione eurasiatica può distorcere inferenze sulla storia della loro coalescenza e confondere i segnali genetici di adattamento e introgressione arcaica.

Gli autori hanno poi dimostrato che la popolazione eurasiatica più simile alla componente che si è mescolata geneticamente nei Toubou e Amhara (Etiopia) è la popolazione sarda. Utilizzando antichi campioni di DNA, gli autori hanno poi dimostrato che anche i primi agricoltori neolitici rappresentano una popolazione simile alla fonte della mescolanza genetica eurasiatica tra i toubou e gli etiopi. Utilizzando il software per ADMIXTURE con impostazione K = 2, gli autori hanno poi stimato la proporzione di lignaggio eurasiatico nei i toubou (tra il 26 e il 30%), nei Sara (tra 0,3 e 2%) e nei Laal (tra 1,2 e 4,5%). Si segnala inoltre che il tempo di mescolamento genetica tra africani e eurasiatici in Sara e Laal è poco dopo l’esplosione demografica dovuta all’inizio del Neolitico nel Vicino Oriente (4).

Ricordo a questo proposito un mio post su un paper che riferisce di questa componente genetica in Africa simile agli agricoltori del Neolitico europeo.

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Admixture into and within sub-Saharan Africa – George Busby et al. – Posted February 1, 2016 – http://biorxiv.org/content/early/2016/02/01/038406

Dall’astratto, traduzione libera:
comprendere i modelli di diversità genetica è una componente fondamentale della ricerca medica in Africa. Qui usiamo inferenza di genetica delle popolazioni basata su aplotipi per descrivere il flusso genico e mescolanze in una collezione di 48 gruppi africani con attenzione particolare sui principali popolazioni del sub-Sahara. La nostra analisi presenta un quadro di riferimento per interpretare la diversità aplotipiche in e tra i gruppi di popolazione e fornisce una base demografica per l’epidemiologia genetica in Africa. Abbiamo dimostrato che le popolazioni africane costiere hanno ricevuto un afflusso di aplotipi eurasiatici come una serie di eventi di commistivi nel corso degli ultimi 7000 anni, e che i gruppi parlanti lingue Niger-Congo provenienti dall’Africa orientale e meridionale condividono una ascendenza con africani centro-occidentali a seguito di recenti espansioni di popolazione associata con l’adozione di nuove tecnologie agricole. Abbiamo dimostrato che la maggior parte delle popolazioni sub-sahariane condividono l’ascendenza con i gruppi al di fuori della loro regione geografica corrente a seguito di movimenti di popolazione su larga scala nel corso degli ultimi 4.000 anni. La nostra analisi approfondita di commistione fornisce una panoramica della condivisione aplotipica tra i diversi gruppi geografici e il recente movimento di alleli in nuovi ambienti climatici e patogenici, entrambi i quali saranno di aiuto per l’interpretazione degli studi genetici delle malattie in Africa sub-sahariana.

La ricerca fornisce ulteriori prove genetiche che la diffusione delle lingue bantù e delle tecniche agricole dell’Africa centro-occidentale, nota come l’espansione bantù, è stata accompagnata probabilmente da genti che si sono spostate dal Camerun, verso sud e verso est nel corso degli ultimi 2.500 anni. Inoltre è stato dimostrato che le popolazioni costiere dell’Africa occidentale, orientale e meridionale hanno sperimentato piccoli influssi di geni eurasiatici in seguito a diversi eventi storici nel corso degli ultimi 3000 anni (1).

Le analisi MALDER e Fst mostrano una estesa presenza di ascendenza Khoisan in gran parte dell’Africa sub-sahariana e anche una eurasiatica (pag. 20 punto 9). Gli scienziati speculano che possa trattarsi di un flusso di ritorno dall’Eurasia di oltre 10.000 anni fa. Collego mentalmente, non logicamente, questa loro osservazione alla teoria che l’aplgruppo E forse ha avuto origine non in Africa ma in una regione prossima come il MO e poi si è diffuso estesamente in Africa. Vedere anche questo post.

In due gruppi parlanti Khoisan del Sud Africa si ottiene una mescolanza recente da una popolazione più simile ai nord europei che si allinea col periodo coloniale nella regione (pag. 14-15).

L’analisi con Fst non si rivela molto utile per le distanze fra popolazioni africane a differenza che fra quelle eurasiatiche che hanno subito riduzioni notevoli dovute a eventi come il collo di bottiglia “Out of Africa” che portano più facilmente a derive genetiche (drift). Per le genti africane, che hanno mantenuto nel tempo una diversità genetica più grande, si rivelano migliori le differenze aplotipiche e le divergenze di aplogruppi (paper, p.6; 2 commenti).

Questo vale per la formazione di E-V95 E-M329, E-M215. Si osserva che entrambi questi metodi indicano che l’elemento africano nei somali diverse da quello negli Yoruba circa 40.000 anni fa, secondo un blogger (3).

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Infine un paper di qualche anno fa:
Ancient west Eurasian ancestry in southern and eastern Africa – Joseph K. Pickrell et al. – 2014 – PNAS.org – doi:10.1073/pnas.1313787111

Dall’astratto, traduzione libera:
la storia del Sud Africa ha visto interazioni tra indigeni cacciatori-raccoglitori e una serie di popolazioni che si muovevano nella regione. Qui usiamo i dati genetici genome-wide per mostrare che ci sono almeno due eventi di commistione nella storia delle popolazioni Khoisan (cacciatori-raccoglitori dell’Africa australe e pastori che parlano lingue non bantu con consonanti click). Una delle popolazioni coinvolte imparentata a popolazioni africane di lingue Niger-Congo e l’altra che introdusse un’ascendenza più strettamente correlata a popolazioni eurasiatiche occidentali (europee o del Medio Oriente). Abbiamo datato questo secondo evento di commistione a ~900-1,800 anni fa e dimostriamo che ha avuto il più grande impatto demografico nelle popolazioni khoisan che parlano lingue Khoe-Kwadi. Un segnale simile di ascendenza eurasiatica occidentale è presente in tutta l’Africa orientale. In particolare, troviamo anche la prova per due eventi commistione della storia del Kenya, della Tanzania, e le popolazioni etiopi, la prima delle quali ha coinvolto popolazioni legate agli eurasiatici occidentali e che noi datiamo a ~2,700-3,300 anni fa. Ricostruiamo le frequenze alleliche di quella popolazione putativa in Africa orientale e dimostriamo che questa popolazione è un buon indicatore per l’ascendenza eurasiatica occidentale dell’Africa meridionale. La spiegazione più parsimoniosa di questi risultati è che l’ascendenza eurasiatica entrò in Africa australe indirettamente attraverso l’Africa orientale.

Si dice che i Khoisan migrarono dall’Africa orientale verso sud (5).

  1. Scientists reveal sub-Saharan Africa’s legacy of past migrations over last 4,000 years – Date: June 22, 2016 – sciencedaily.com
    Admixture into and within sub-Saharan Africa – February 1, 2016 – Eurogenes Blog – Link
  2. Admixture into and within Sub-Saharan Africa – February 4, 2016 – Link
  3. La diversité génétique des Tchadiens révèle plusieurs migrations Eurasiennes vers l’Afrique – Par Bernard Sécher – 24 novembre 2016 – Link
  4. Researchers find signs of western Eurasian genes in southern African Khoisan tribes – February 4, 2014 by Bob Yirka – Phys.org

Image – By Jcherlet: Jcherlet derivative work: Jcherlet (HDImap_spectrum2006_Africa.png) [Public domain], via Wikimedia Commons
Sub-Saharan Africa. Sudan is also classified as North Africa by the United Nations. http://unstats.un.org/unsd/methods/m49/m49regin.htm

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Questa voce è stata pubblicata il dicembre 3, 2016 da con tag , , , , , , , , .

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